該平臺(tái)直接對(duì)接人體樣本的RNA二代測(cè)序原始數(shù)據(jù)，具有對(duì)數(shù)據(jù)全自動(dòng)質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能，實(shí)現(xiàn)了快速檢測(cè)樣本中可能存在的包括新型冠狀病毒在內(nèi)的各種病毒，并在線分析其相對(duì)載量。
基因組測(cè)序是新型冠狀病毒疑似病例確診的病原學(xué)證據(jù)之一，國(guó)家衛(wèi)健委在對(duì)《新型冠狀病毒感染的肺炎診療方案(試行第五版)》進(jìn)行解讀時(shí)，還對(duì)鑒別診斷要求“單從臨床表現(xiàn)、胸部影像學(xué)難以鑒別，需依靠病原學(xué)檢測(cè)來(lái)區(qū)分。” 基于基因組分析結(jié)果，可精準(zhǔn)識(shí)別病毒基因特性，監(jiān)測(cè)病毒變異趨勢(shì)，在疫情防控、疾病診治、藥物篩選、疫苗設(shè)計(jì)與藥物研發(fā)等工作中發(fā)揮著不可替代的基礎(chǔ)性的作用;也將支撐病毒朔源、變異進(jìn)化、致病機(jī)理等研究工作。
VIC平臺(tái)實(shí)現(xiàn)了從病毒組基因組測(cè)序到基因組拼接與鑒定的“一鍵式”自動(dòng)化服務(wù)，極大簡(jiǎn)化了操作流程。各醫(yī)院只需上傳病例原始數(shù)據(jù)至VIC平臺(tái)(見(jiàn)網(wǎng)址)，即可觸發(fā)病毒基因分析流程，并獲得該病例的全基因組分析結(jié)果。VIC得到華為云容器平臺(tái)強(qiáng)大計(jì)算能力的支持，可提供高通量多樣本并行云端分析能力。分析結(jié)果不僅能為全面分析患者的呼吸道病毒組，研究其致病因子提供支撐，亦可助力臨床診斷，為采用相應(yīng)的治療措施提供參考，同時(shí)還可監(jiān)測(cè)病毒變異趨勢(shì)，便于提前做出應(yīng)對(duì)措施。
VIC由中國(guó)科學(xué)院上海巴斯德研究所大數(shù)據(jù)平臺(tái)設(shè)計(jì)，由中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)中心開(kāi)發(fā)、運(yùn)維并提供技術(shù)支撐，由華為云基因容器提供云服務(wù)技術(shù)支撐。VIC平臺(tái)只作為一個(gè)計(jì)算平臺(tái)，所有的數(shù)據(jù)權(quán)利屬于數(shù)據(jù)提供方，平臺(tái)不使用用戶數(shù)據(jù)去發(fā)表任何科研論文。在疫情結(jié)束前，VIC面向科研用戶免費(fèi)開(kāi)放。目前，上海市公共衛(wèi)生臨床中心，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院、中國(guó)科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院作為平臺(tái)的首批用戶，已在VIC上完成了批量新型冠狀病毒肺炎患者樣本的基因組原始測(cè)序數(shù)據(jù)分析。
平臺(tái)的服務(wù)網(wǎng)址是http://www.biosino.org/vic/ 和
http://hvic.biosino.org/
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